虽然理论上可以开负数发票，但实际上发票的内容应该根据相关法律法规来进行指定。根据《发票管理办法》，国家对发票金额的要求是：在购买方对货物或者应税服务支付货币时，发票金额应当不超过相应支付货币的金额；在货物或者应税服务支付货币以外的方式进行支付时，发票金额应当不超过货物或者应税服务实际价格。 因此，实际上，在这种情况下，即使货代公司退还运费，但依然不能开具负数发票，而是应该按照实际运费数额（600元）开具正数发票，拆分后的1000元则作为双方之间的其他支付方式进行结算，而非发票结算方式。 此外，在发票结算方式中还有其他一些重要的法律法规，例如发票的一票多付原则，就是购买方不能同时将一次货款分开使用多张发票，也不能同时将一张发票使用多次，以保证发票结算程序的公正公平。