首先，可以确定是否是真实发生的抵扣，因为进项税余额跟未抵扣的税额不匹配，可以核实相关抵扣凭证或资料是否存在，当存在的情况下，这个时候就应该向税务机关申报更正，把负的税额变为正税额，而不是用新的发票补贴。另外，如果该发票已被认证抵扣，而没有拿回来，则应该提供相关的凭证，证明该发票的抵扣是真实存在的，就可以更正差错了，如果拿不回来，则应该向税务机关申报发票遗失，避免发生被稽查所带来的问题。 此外，如果是同一家公司之间的发票，应该及时处理，考虑到有可能会被稽查，及时在系统中核实，如果系统中无法确定，最好是向税务机关提供相关发票，开满后及时补缴，以免发生差错，影响到企业及税务机关的稽查工作。