支付员工的劳动仲裁调解赔偿款应计入主营业务成本科目。具体可以统一记录在成本类科目下的“劳动仲裁调解赔偿款”，或者记录在其他类科目的“劳动仲裁调解赔偿款”，也可以根据具体情况进行分类记账。 拓展知识：劳动仲裁调解赔偿款是劳动仲裁机构就劳动报酬争议纠纷作出的调解，要求当事人支付的补偿款。多数企业都会把劳动仲裁调解赔偿款当做普通的企业成本费用来进行账务处理，但也有一部分企业则把该项费用记录在“与主营业务无关的费用”类科目下。