公司预付工程款的计记应该使用应付账款科目，记入应付账款-预付款项下的应付工程款科目。由于工程款的预付是在支付前完成的，实际上应付账款对应的是债权，财务应该将此项收支当作是借入金额，经审计会计核算时，可以正确引用贷方凭证，此时应付款计记在应付账款科目，应付账款是借贷双方当事人协议发生的债权债务关系的登记账户，它反映的是企业与他处账户的债权债务关系，应付账款也被称为应付款，它反映企业尚未清偿的债务，是最重要的负债性经济地位，应付账款是一种还未实际支付的入账，它在财务报表中以负债科目形式出现。 拓展知识：应付工程款是指企业与外部经济主体在履行合同或协议条款时所应支付的款项，是企业与外部经济主体之间形成的债权关系的登记账户。合同或协议的双方当事人有义务按照约定的款项分期，按时支付，以解决双方纠纷，确保承担责任和保证履行完成合同或协议条款。因此，应付工程款在企业财务报表中可作为负债来反映，其金额将作为企业未来需要支付的负债项目。