排污权证办理费用可以纳入企业财务核算的费用科目。一般会纳入污染防治设施投资费、环境保护费用或环保费用等科目中。 如果企业按照政府新版环保征税政策发生费用，可以纳入当年应纳税款及应付账款中。排污许可费、排污备案费、污水处理费、污染治理费、排放标准外污染治理费等可以全部纳入税前扣除项目之一的污染防治费用核定范围内。 拓展知识：排污许可证的办理有严格的规定，一般企业申报需要准备的资料包括：营业执照、组织机构代码证、税务登记证（名称）、法人代表证明、厂区用地使用许可证以及排污设施投资及建设审批文件等。此外，排污许可证办理还需要进行实地查验，核实排污设施的实际情况，以及环境排放标准等。