对于这种情况首先，公司收取的货款应当记入收入，记入1000元。其次，针对100元分给代理商的部分，可以凭借费用报销的凭证进行报账，金额也记入1000元收入。报账凭证，可以为发票、收据、其他合理可认定的文件。此外，在同时做到记账准确性的基础上，可以采取控制型账务处理，即实施收款渠道的管理和稽核，以及对收款渠道人员持牌管理等举措，以有效防止财务款项外泄、损失以及安全风险，避免财务风险。