在公司员工发生工伤的情况下，财务部门可以按照规定进行入账处理。一般来说，职工发生工伤，可以由公司统一报销给职工，但是如果金额未达到报销标准，财务依然可以进行入账，只是需要职工提供相关的证据材料，尤其是药费和检查费的发票，不需要提供统一的发票。该费用可以由职工本人报销给公司，公司可以按照规定程序进行补偿，财务室也可以直接进行入账处理。 拓展知识：根据《劳动保障相关法律法规》，职工受伤或者因工致残，企业应当按照国家规定予以报销、补偿等。这些费用被称作“劳动就业保障费用”，是企业支付的社会责任费用，不属于营业成本，不能计入税前利润。