工厂自建房屋可以计入工程施工，但是最后一定要转到在建工程。在施工过程中，需要按照规范进行，并且要经过相应的报批、登记等流程才能正式转到在建工程，保证项目的安全和合法性。首先，根据实际情况，需要全面审查该自建房屋的真实性，包括审查其设计图纸、规划许可证等各类证明文件。因为在设计图纸和规划许可证中都会体现出工程质量等重要信息，所以必须保证证明文件的合格性。其次，根据规定，还需要提交变更审查申请单，便于有关部门审核、受理、审批转入在建工程时，能够通过审查。最后，还要办理将自建房屋正式转到在建工程的手续，比如审查相关凭证、发放发票等，以确保项目的合法性。 拓展知识：在建工程在施工过程中并不受财政拨款的制约，它是一种自筹资金的方式，因此它是及时披露其重大事项、质量、完工情况等信息的重要方式之一。