水利建设专项收入的计算方法是：1、计算水利建设专项收入收入额即综合税种和其他收入收入总额，减去按现行税收法律规定可抵扣的支出部分；2、计算应交税费，即将收入额乘以税率得到应交税费；3、根据税前扣除项目减免税税费，减免税费的金额在税务局应税收入证明书上有记载。 拓展知识：税收减免是指国家在维护和促进重点经济领域，不少于一定的时间期限，减轻指定的企业的税收负担，以达到培育发展实体经济，促进社会经济增长的目的。减免税收包括税收优惠和税收减免两种形式。税收优惠是指国家在一定时期内，减免或缓缴部分税收，给予企业在该项目投资过程中所产生的企业所得税和个人所得税或其他税收。税收减免则是指在一定时期内，放宽对企业投资的法律、行政和财务监管，减免企业的税收。