根据国家财政部相关规定，甲方支付工程款是以代发工资的名义支付给乙方的，乙方应当缴纳个人所得税。当单笔应发金额超过1,500元，以及月应发金额超过4,500元时，纳税人应当缴纳税款，税率为个人所得税的一般税率，即20％。同时，除了个人所得税外，还应当缴纳专项附加扣除，具体专项附加扣除项目可以根据乙方个人职业和地区等不同情况来确定。拓展知识：专项附加扣除是指增加扣除项目，以减免纳税人的税负，具体包括子女教育、继续教育、住房贷款利息、住房租金、大病医疗等。