增值税理论留底大于实际留底的情况指的是，纳税人预缴增值税金额大于了最终确认的实际纳税金额。这种情况发生的原因是，税务机关在税款确认时，可能由于计算方法不当，或者企业适用了不当的减免政策，使得实际纳税金额少于理论留底。由于增值税是一种消费税，它的税收必须按照实际的纳税情况确定，因此，纳税人必须按照实际纳税情况来预缴增值税。否则就会出现理论留底大于实际留底的现象。 纳税人在减免税款时，有可能会预缴过多的增值税，这时，他们可以申请退税，在月末结算时申请下月增值税退税，退回部分预缴税款。另外，纳税人也可以在结算完增值税后，将多余的税款办理冲销等手续，申请将多缴的税款入账到自己的预付余额账户中。 当理论留底大于实际留底时，纳税人有责任要及时向税务部门报送减免税申报表，以便税务机关能够及时发现，并正确处理纳税人的减免税政策。拓展知识：增值税减免税政策，是指税务机关根据税收法律和税收程序，在一定范围的税款缴纳过程中，在纳税人申请的情况下，采取暂停或减少税款缴纳义务的政策措施。