投标保证金的做账方式是： 1、先将投标保证金存入账户中，一般存入专用的投标保证金账户； 2、然后在借方科目录入客户的投标保证金：一般将投标保证金录入“银行存款”或者“其他应收款”； 3、在贷方科目录入客户的投标保证金：一般将投标保证金录入“投标保证金”或者“其他应付款”； 4、当客户获得中标后，开具投标保证金收据； 5、如果客户没有中标，则需要将投标保证金退还给客户，此时发票会按照客户所支付的金额开具，并将金额录入“其他应付款”等； 以上就是投标保证金的做账方式。在实际的账务处理中，还需要根据实际的情况判断，根据不同的业务类型，科目的选择也是不一样的。比如，除了以上的贷方科目外，还可以考虑将投标保证金录入“应交税费”，将其作为纳税保证金处理。这将会更好地保障企业的财务利益，也能够让企业更好地把握财务活动。