根据《中华人民共和国税收法》，公司小规模纳税人开具增值税普通发票税率所填写的是3%。小规模纳税人所涉及的货物及劳务销售价款，可以按照3%的税率开具增值税普通发票。 为了支持小规模纳税人税收减负，自2016年1月1日起，小规模纳税人税率从17%降至3%。小规模纳税人开具增值税普通发票税率那栏填3%，可以减轻小规模企业的税收负担。 此外，小规模纳税人有一定的条件限制，一般来说，是指具有独立法人资格，营业收入（本期营业收入）达到或者低于50万元的企业均可纳入小规模纳税人项目，但具体各地的标准有所不同，需要根据地方政府文件进行落实。