小规模纳税人第三季度开票超过500万，需要按照规定办理税收筹划和申报手续。根据《中华人民共和国企业所得税法（修正）》，小规模纳税人应按月应纳税额超过50万元，按照规定缴纳企业所得税，并及时申报纳税。纳税申报由纳税服务费支付实现，包括3个环节：1. 申报收取的增值税及其他税款；2. 申报支出的可作为企业所得税减免费用；3. 申报其他税种。拓展知识：根据总税务机关对小规模纳税人政策，小规模纳税人出示有效的营业执照，即可享受小规模纳税人的优惠政策，如企业所得税、印花税、资源税等的减免。