如果发生系统税额与开票税额差0.01的情况，有以下方法可以尝试解决： 一、检查财税记录以及系统配置：查看发生异常的单据位置，检查账单是否准确，确保系统设置正确。 二、检查税费定价和折扣：如果发现发票税额与系统税额差0.01，首先检查是否存在税费定价或折扣，以及这些税费定价或折扣是否已正确配置。 三、检查计算公式：确定税率的计算公式是否正确，是否需要重新设置计算公式。 四、检查软件是否有问题： 若上述都无效，则测试财务软件是否有报错，检查程序源代码是否正确。 总而言之，发生系统税额与开票税额差0.01时，应该从税费定价、计算公式以及财务软件本身出发，查找问题并对应解决。此外，有的企业可以采用智能财税系统，可以自动生成税率，无需人工配置，从而极大的减轻企业的工作负担。