在有关有机肥生产企业的税收方面，根据《中华人民共和国税收法》的规定，小规模纳税人买进秸秆和粪肥发票，直接入账可以免税，不需要额外申报纳税。该企业资料申报，需要根据所开发票的类型认定，如果是增值税发票或者消费发票，可以直接给予减免；如果是抵扣发票，需要对票面相关信息进行复核，凭借符合条件的发票才可享受减免优惠。 同时，有机肥生产企业还需要注意控制自身实际生产经营成本，避免资产流失。它可以深化劳动生产率和变革技术，以提高生产效率；可以通过与供应商的合作来节省成本；也可以构建合理的定价体系，有效地控制可能产生的运营成本浪费。通过上述措施可以增加企业的盈利水平，并有效地实现税收优惠。