代理记账的会计公司所代理的企业注销后，其代理的电子账簿应当保存7年。根据《中华人民共和国会计法》第十五条规定，会计档案应当至少保存七年。会计档案包括电子账簿，因此对于代理记账的会计公司来说，需要保存其代理的企业注销后电子账簿，在这七年的期限内，这些账簿需要保存完好，并且可以随时提供查询使用。 此外，在会计档案的保管期间，应当注意防范火灾、水灾等灾害，以及预防电磁干扰等其他机械因素的影响。对于电子账簿的保管，还应当采取技术措施，确保账簿的安全不受破坏，这需要会计公司建立完善的技术防范机制。