农机专业合作社的工会经费应通过电子税务局申报。首先，需要检查工会经费应否纳入企业所得税中的扣除范围，并根据财务部门的要求作好账目统计；其次，将工会经费录入到发票管理系统中，按照发票格式开具发票；最后，在电子税务局系统中进行登记，主要包括填写和上传工会发票、申报工会经费信息等，以完成申报。此外，有关工会经费的申报还需要对发票的真实性、准确性进行检查。只有完全遵守上述步骤，才能完成农机专业合作社工会经费的申报工作。拓展知识：在申报工会经费时，要注意严格按照规定填写税收凭证，以确保申报信息的准确性和完整性，从而准确、快捷地完成工会经费申报工作。