在发现第二季度财报中年初与年终数据不一致的情况下，应做出以下处理：首先，仔细查看当时的数据，找出不一致的原因，以确定是否有误上报的地方；其次，如果是数据上报错误，可以进行修正，重新报送；第三，如果是因为系统自动生成的原因，可以完善系统，增加审核措施，进行更有效的数据校验；最后，如果是因为审计机构失误导致的数据不一致，可以督促审计机构重新审核，以确保数据的正确性。此外，定期进行数据校验和跟踪管理，及时发现财务问题，减少财务风险，也是非常重要的。