公立医院发票丢失的情况，应该按照以下流程进行处理： 1、及时向医院进行申报。其中必须要有医院出具的证明，否则在申报失窃时，会出现各种问题； 2、在收到医院通知后，可以向当地税务机关申报，说明发票丢失的情况； 3、一旦发票丢失，可能会造成不易对账的情况，因此，最好提供病人和医院的病历记录，以证明发票的实际是否真的丢失； 4、最后，向税务机关提交相关的补办申请和材料，以便顺利完成补办手续。 补充知识：丢失发票的处理，有时还需要提交病历记录，医疗报销处方记录，有关的发票申请系统凭证，以及经过金额会计审核处理记录等，以证明发票是否真的丢失，以便可以确定最终的补办发票结果。