北京公司自然人股东转让股权的办理流程如下： 1、申请人准备好相关文件，完成《换股协议书》等其他要求； 2、将转让双方准备好的文件，提交至企业所在地工商局办理股权变更； 3、联系原公司注册代理机构，进行股东变更及股权变更登记手续； 4、申请人到所在地税务机关办理股权转让税务登记手续； 5、股权转让完成后，企业把股权转让的情况登记在企业章程内，在公司的登记机关备案。 以上是北京公司自然人股东转让股权的办理流程，但实际操作时，受购让双方实际情况及具体地方企业政策条件而定，应逐一查询具体流程。 需要提醒的是，在任何情况下，股权变更都是要向所在地的工商局，税务局以及企业的注册代理机构办理的，股权转让时也要提醒双方准备好必要的文件和证书，谨防权利上的损失。