在进行留底退税时，进项税勾选平台未勾选的税会自动勾选，而不会消失。在征税管理平台进行业务处理过程中，对已经勾选的进项税抵扣，税务机关会根据留底退税的要求进行勾选审核，当进项税不符合留底退税要求时，会自动勾选需要抵扣的税项，从而实现最终的退税。 拓展知识：必须要注意的是，申报进项税抵扣时，税务机关会根据核实后的申报主体，完善进项税抵扣情况，因此在申报时应根据实际情况完善进项税信息，以符合最终的留底退税要求。