旷工扣三天工资的合法性有待具体法律条文的解释。根据《中华人民共和国劳动法》第三十四条，未事先征得劳动者同意而开除劳动者，或者以罚款形式进行处理的，应当予以改正。但是根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十七条，用人单位未依法定时间和数额及期限给与劳动者工资，劳动者有权要求用人单位支付应付工资倍数的赔偿，用人单位依法应当支付被赔偿工资。 从法律的角度看，旷工扣除三天工资的合法性是有争议的。在大多数情况下，雇主可以根据《劳动法》及其他相关法律的规定，以其他形式进行处理，如劝阻、谈话、记过、记大过，并且可根据劳动者的情况和历史表现进行惩罚。 而拓展知识：《中华人民共和国劳动合同法》中第三十六条规定，用人单位实行旷工制度的，应当根据劳动者的情况视情订定补偿性措施，可以以减缓或免除民事责任方式赔偿劳动者。因此，在实行旷工制度的情况下，雇主还需要根据劳动者的情况视情订定补偿性措施，以减缓或免除民事责任。