一般纳税人公司认证一部分不认证一部分存在一定的风险。首先，出现进项税额很多的情形，可能是由于该企业所征收税费较多，但由于税收环境变化，企业仅认证一部分税额，可能会出现税务稽查的风险，同时企业也可能会面临财务审计的风险。如果全部认证，转出指的是将其中一部分税款转移出去，以备企业未来使用，这样也可以规避一定的风险。此外，企业也可以采取一些税收优惠政策，通过税收减免等政策，来获得一定的税收优惠，从而降低企业的税收负担，并提高企业的经济效益。