财务会计制度备案是需要总公司操作的，流程如下： 1.备案前的准备，总公司首先需要根据分公司营业状况，制定财务会计制度； 2.备案准备好后，总公司需要提交财务会计制度文件、营业执照副本以及企业法人营业执照副本到地税机关； 3.总公司可以在网上申请，现场受理，或者经由邮寄的方式提交备案申请； 4.地税机关会在30个工作日内审核，根据审核情况发放备案证书； 5.备案证书发放后，总公司需要及时确认，并确保财务会计实际操作符合备案的内容。 拓展知识：财务会计制度备案可以有助于企业规范操作，提高企业财务管理水平，降低企业财务风险，保护企业利益。