投资款的入账科目应当按照实际情况分析确定。如果公司A以现金方式向公司B投资，则投资款应当登记在公司A的现金科目下。如果公司A以负债形式向公司B投资，则投资款应当登记在公司A的应收债权科目下。如果公司A以股份方式向公司B投资，则投资款应当登记在公司A的长期股权投资科目下。 由于公司A对公司B投资占90％股权，属于公司A向公司B以股份方式进行投资，因此，投资的款项应登记于公司A的长期股权投资科目下。 拓展知识：长期股权投资是指企业投资其他企业，通过投资其他企业来获取长期回报，从而获得资本增值和收益的资产。长期股权投资分为直接投资和间接投资，其中，直接投资是指企业投资他人，拥有企业所有权的一种方式，持有被投资企业股份超过规定年限，并通过控制权及其关联交易形成特定关系。间接投资是指企业投资其他企业，但不拥有控股权或具有控股权的能力，通常是通过投资股票、债券等金融工具来实现的。