对于货款本金没有从货款账户提现出来到公司银行账户，又直接扣了本期应还的还本付息的款的账务处理，首先，要记录账务，即贷方应收货款，及本期还本付息两方面的流水。另外，从公司银行账户及货款账户出现相应的借贷双记，如果是银行从货款账户取款，那么可以在货款账户支出一笔相应的款项，此时，从货款账户转入到银行账户及从公司银行账户付出本期应还的还本付息流程，要以实际发生情况为准，如果金额一致，且完全符合实际情况，可以用货款贷方的款项减掉银行的借方的款项，形成平账，这样处理也是有效的。