股东撤资清算时，首先要明确撤资程序，按照《公司法》规定、公司章程中规定的程序办理手续。然后需要缴纳税款，撤资者应付税费有增值税、企业营业所得税、印花税、个人所得税等。增值税是撤资者服务于出资者或关联人份额持有收入较大的税费，企业营业所得税是指撤资后公司净利润所支付的税费，印花税是指撤资后股份转让的税费，个人所得税是指撤资后股份持有者份额收入所缴纳的税费。 拓展：撤资者可以考虑企业税收优惠政策，对清算后纳税义务进行安排，如科技型企业可以申请税收减免等。