自然人开票金额10万所产生的税费应缴纳给主管税务机关。根据《中华人民共和国税收征收管理法》规定，当购买发票金额超过10万元时，需要向税务机关申报，并缴纳应税收入。发票金额超过10万元，应缴纳增值税，税率一般为13%，根据相关计算可得，自然人开票10万，应缴纳应税额13000元。 拓展知识： 除此之外，还有部分交易受《营改增专项附加税收政策》管理，当购买发票金额超过10万元时，需要向税务机关申报，并缴纳专项税收。专项税收包括企业所得税、个人所得税、城市维护建设税、印花税和教育费附加等。另外，为了减轻负担，部分政府发放的税收减免政策也是值得关注的。