当收到某机构出具的软件著作权申请收据时，应当将收据记入账户簿，收款金额记入应收账款，税金部分记入应交税费；当申请成功后，应当录入“软件著作权”账户，将支出的费用（收据记入应付账款，税金部分记入应交税费）记入账户簿，将申请的费用补偿记入“软件著作权”账户。此外，在收取相关收费后，可以进行增值税的税额抵扣，以减少企业税费负担。