发票抵扣联一般是按月进行存档。具体来说，首先是根据每个月开票日期来记录抵扣额；其次，也可以按照每月抵扣联来计算抵扣额；最后，发票抵扣联也可以增加关键字搜索，比如依照发票日期和税款类型查询抵扣联，以确保报销材料的准确性。抵扣联的存档可以通过纸质版本存放，也可以进行电子存档。纸质版本适用于小企业，而电子版本可以大大减少报销时间，提高企业运营效率。拓展知识：发票抵扣联可以通过“实名认证”来实现发票真伪核验，有效防止发票伪造，确保发票抵扣材料的真实性。