是的，有限责任公司（自然人独资）可以办理股权变更，但是除了股权变更外，由于现在要把股权变更为股东B占股99%和股东A（法人）占股1%，此时公司的形式也需要申请变更。股权变更的程序大致有：首先，股东需要召开股东大会，决定股权变更，并签署变更协议，变更后编制相应变更文件等；其次，需要将变更文件报送有关注册登记机关，经审核通过，发给变更后的公司证书；最后，如果股权变更涉及到财税方面，还需要向财税部门申报。 此外，股权变更还可能需要向税务机关申报，做出应税处理，并且也要做好相关公司的报税及注销手续。原公司的账务档案集中处理，将原公司的账务档案集中处理，并做出财务回拨处理，是股权变更的重要一环。股权变更前，股东应根据一般的准备工作情况同意变更，并准备必要的资料，以便变更完成后，向税务机关进行申报备案。