销售货物的超时费用在开发票的时候应该当作增值税专用发票进行开具，具体步骤如下： 1. 准备好开具发票的必要材料，包括：货物的销售明细单、客户需要开具发票信息、销售方纳税人识别号、超时费用开票信息等。 2. 填写发票，一般要填写含有纳税人识别号、货物名称及数量、超时费用金额等内容。 3. 把填写好的发票，以及需要开具的销售货物超时费用的相关凭证，提交至财政税务部门，以便于用于开具超时费用发票。 4. 按照财政税务部门相关规定，在发票上开具超时费用，把发票交于客户。 拓展知识：销售货物产生的超时费用，应该把它当作销售货物的一部分，作为销售货物的一个整体，开发票时，全部加在一起，开具一张发票。发票上，增值税应税项目中填写“销售货物”，增值税税率填写“17%”；发票明细填写“货物价款及超时费用”。