应该按十万不含税开发票。根据企业所得税暂行条例第十九条之规定，企业出售无形资产或者其他非货物及劳务，发票金额按未经计税的结算金额开具，纳税义务产生的起始日及应纳税额的确定视为企业有权取得该资产之日。因此如果公司已经计提完折旧的车辆出售给其他公司并且实际结算的金额为10万，那么开具的发票金额应该是10万不含税，同时也要把税率和税额列明在发票上。拓展知识：实施税法时，在出口和内销发票开具时，纳税人有义务根据税法规定，合理确认税率。以内销发票为例，一般有三种税率可供纳税人选择：增值税普通零税率、增值税普通税率和增值税简易征收税率。