公账户收到商家的运费款应当进行记账，具体操作如下： 1、从财务账户中取出现金，分左右两账凭证，将其收入一账，财务账户另一账金额相等； 2、公司收入款--财务账户--现金账，此账以收款账户类别做明细账，用公账户的收款账户记进账； 3、进账后，收入款应直接写入财务账户，然后从财务账户中扣除费用（如运费），最后将剩余的费用（即收入款）写入现金账户，当中有支出记账，也属此科目。 拓展知识：运费款的分录要严格按照会计法规及会计准则来进行。当支付和收到运费款时，企业必须将运费款作为独立款项进行分隔记录，切忌混合使用，以免将运费款与其他费用混合使用而对企业形象产生负面影响。