增值税留底退税后补交的分录是：借方科目：应交税费；贷方方科目：银行存款。这笔分录表示因为原有的税费退回金额对当期税费产生了过度退税，错误补回了税金，使得公司向税务机关补交了税金。 拓展知识：增值税退税，是当税务机关审核确认本期应纳税款额比报税金额少的时候，将税务机关多算的税款退还给纳税人的行为。增值税留底退税后补交，是当税务机关审核本期应纳税款额比报税金额多的时候，要求纳税人在规定期限内，补缴审核确认的多算税额。