是的，发票的电子版文件需要保存起来。现行税收征管制度规定，发票采用电子化发票的，应当对其制作、流转和使用进行记录、存储，并在有关税务机关的要求下，提供税务机关查验用的电子化发票数据及与之相应的税务凭证备查。此外，企业向税务机关提供电子化发票的数据，也可能会涉及延迟财务报表审计的问题，因此保存电子发票也很有必要。 此外，对于企业保存发票，也可以有助于工作人员对发票核查更好地把控，发票必要时能及时准确地提供，以防止拖欠客户款项。如果未能按时提供发票，可能会影响企业与客户之间的关系。因此，企业有必要将电子发票保存起来，使其有效及时备查。