运输公司开发票的基本流程为：首先，应当根据客户的要求准备发票的必要材料，包括税号、开户银行和账号等信息；其次，应在税务机关备案并领取发票领用证；第三，在税务机关办理入（出）库手续，领取发票；最后，应在客户支付运费后开具发票，并在应开票日期内向税务机关申报交税。 另外，随着税务机关正在不断加强相关管理，各家运输公司在使用发票时应当实行认真管理，尤其要重视发票的开具，内容的填写、加盖公司公章，以及未抛销的发票的妥善保管等相关事宜。 拓展知识：运输公司开具发票时，需要注意发票的税种，比如增值税发票以及普通发票，在开具发票时一定要注意合法原则，以及一些发票的使用规定，防止开具发票引起税务机关的不良后果。