在公司出资与另一家公司合作开发专利的入账，当事双方应订立合法合同记载研发过程中的本金出资、研发工作完成情况、分成确定、责任承担、违约责任等事宜。当双方出资研发方式应明确项目研发进度，并确定双方出资比例、分成情况等事项；研发结果（也就是专利）属于合作双方所有，具体落实可根据合同协议约定；若对方公司不开发票，则应由双方签订合同并提供收据作为有效证据，以确保账实准确、支出合法有效。拓展知识：合作研发专利的入账，除上述合同约定外，业务部门、财务部门应确定双方合作的定金抵扣、期初结转、出账计提等财务政策，以保证账务准确、资金流动顺畅。