商贸公司退税流程一般包括：首先申报和发票申请；第二，确认发票准确性并制作申请表；第三，向上级税务及海关机关申报；第四，税务机关办理退税手续；第五，按规定时间及办理程序审核商贸公司的退税申请；最后，由上级税务及海关机关出具退税凭证和发放退税金额的现金。在商贸公司申请和办理退税程序期间，通常可以收到发票，但是要依照退税凭证才能进行抵扣，而且因为退税过程较为复杂，所以应该确保各项文件的准确性，避免一些不必要的麻烦。拓展知识：若商贸公司在办理完退税手续后，无法在规定期限内将退税金额全额使用，可以向原税务机关申请进行转移，以便在其他部门使用。