答：一般来说，医院的代发票遗失证明单可以入账，但是要求有充分的证据证明该遗失的票据是真实有效的才能入账。证明有效的方式有以下几种：1、发票遗失者本人或其代理人提供有效的发票遗失申请书；2、医院出具治疗证明书等相关收据；3、医院出具证明有特殊原因，不能提供有效票据的具体证明书等。考虑到安全性和可信度，一般情况下，需要加上经签名批准的国家有关部门的文件才能用于入账。 拓展一下，发票遗失证明还分为普通发票遗失证明和专用发票遗失证明，普通发票遗失证明指的是普通发票遗失后无法发票补打而申请开具发票遗失证明的；专用发票遗失证明指的是发票遗失后连带金税盘上的记录都无法查询而申请开具发票遗失证明的证明。