是的，您可以同时开物流公司的9%运费和6%仓储服务的增值税发票。发票格式按照财政部（国家税务总局）《增值税普通发票使用规定》（国家税务总局令第107号）规定执行。发票内容应注明运费及仓储费用的服务内容、单位名称、纳税人识别号，以及计算的9%运费和6%仓储服务的增值税额，并计算在收款金额中。 在开具发票的过程中，需要确保计算的9%运费和6%仓储服务的增值税额正确，以避免税务部门退税时有关税项余额不足的情况发生。此外，当企业提供运费及仓储费用服务时，还需要缴纳营业税或消费税，以及印花税等费用。因此，在开具发票的过程中，还需要关注和控制这些税项的金额，以确保合规性。 另外，在仓储服务上，如果涉及到冷链科技服务，技术服务费用是不得开具增值税发票的，因此，在合同签订前需要强调清楚，以确保一致性税收的合规性。