您好，开具自然人开增值税普通发票，首先需要进行税务登记，确定纳税人资质，持有相关资质的税籍单位才可以开具增值税发票。其次，依据税收征收管理有关规定，税籍单位应当登记其出售给自然人的有形动产结构，并自行保存相关发票、记账凭证等财务凭证。最后，税务机关将根据开票信息检查和核销，确认物流承包费是否有税，如果有的话，就要进行申报，缴纳税款。 拓展知识：税务机关确认增值税税种时，会查询付款方及收款方的税务登记信息，确定是否有税务征税义务，以及开具什么样的发票，是普通发票还是专用发票。