首先，确保股东投入的50万元合规，如果是合规的，那么需要经过注册资本重新计算的流程。 1、首先，股东需要写出一份变更注册资本的申请书，将50万元从资本公积中退回给股东； 2、申请书中需要出具股东身份证明、委托书等相关资料； 3、向工商局提出申请，并向税务机构报备变更后的注册资本，等待工商局审核； 4、审核通过后，股东向资本公积提出收回50万元的申请，并出具有效的发票资料； 5、将资本公积里50万元转移到股东的个人账户里； 6、三方（股东、公司、工商局）签订变更公司注册资本相关文件； 7、修改公司章程，把50万元收回给股东的部分消除； 以上就是股东把50万退回给资本公积所需要操作的步骤，注意在操作中遵守国家相关法律法规，避免不合规操作。更进一步，股东可以在注册资本重新计算前，寻求税务、会计、律师和公司注册代理机构的协助，以减少不必要的错误。 拓展知识： 在操作注册资本重新计算的过程中，一定要注意付款的时机，因为根据《中华人民共和国企业所得税暂行条例》，如果是在变更前就付款的，那么该增资部分的收入税将担由股东个人负担，而如果是在变更后付款的，则可以由本公司或者上级公司负担。