是的，在6月份发工资的情况下，一个员工补发的3月份的4000元钱必须申报，这里需要了解的是，因为补发的3月份的4000元工资已经纳入了当月的应纳税所得额，所以要按照应纳税所得额的规定申报和缴纳税款，根据纳税人的身份一般要按月递交纳税申报表和相应的财务凭证，并缴纳应纳税款。税收结算期确认后，还要做好税收凭证备案，以备相关检查时提供财务记录，拓展知识：税收凭证包括：发票，费用报销凭证，增值税专用发票，支出明细表，付款凭证，结算单据，收入结算单等。