员工办理健康证的报销款的账务处理包括如下几步： 1、先将健康证费用（包括医院检查费、体检费以及办理所需的材料费）进行登记和核销； 2、将登记及核销后的报销金额，记入公司的员工借款子账户； 3、员工缴纳个人所得税，公司应同时将该税金记入应交税费子账户； 4、将公司的健康证报销金额，从员工借款子账户划转至“健康证报销”费用子账户； 5、每月凭借报销单及付款凭证，核销“健康证报销”费用子账户里的余额，并将其记入相对应的职工报销费用成本科目； 6、每月审核“健康证报销”费用子账户，核对报销明细和付款凭证； 拓展知识：健康证是员工上岗、转岗前需要购买的必要凭证，分为普通健康证和危害性作业健康证，其发证行为收取的费用，一般由企业负责报销。财务部门可以通过明细的账务处理，来完成对于健康证报销的登记、核销、审核等操作，以确保费用的合理性和准确性。