是的，税务部门的做法是合理的。根据税收法规，对涉及税务的企业，如果一季度的税收超出了预期的额度，就可以进行查账征收。而查账征收是指根据企业上一次纳税时所用的发票及其他账务凭证，结合本次纳税申报义务者实际经营情况，经税务机关查账核实，对其实际应纳税额进行征收。 对于查账征收以后的税率方面，一般与原有的税率按照国家规定征收，涉及到的税种有：增值税、消费税、营业税以及企业所得税等。如果实际进项发票没有那么多，则需要根据企业的实际经营情况，提供其他相关凭证，以核实企业的实际收入和费用情况。 综上所述，查账征收采用进项普通发票进行书面核实是正常步骤，企业在查账征收期间，需考虑如何保证其账务登记的准确，以确保税务的合理缴纳。此外，在查账征收期间，为了保障企业的正常经营，企业也要对其财务状况和纳税状况加以保障，以确保企业的正常运行。