员工手机端专项扣除申报可以使用税务总局官方专门推出的电子税务局App来完成，可以在App Store、Google Play或税务总局官网上下载。电子税务局App的功能非常强大，可以进行专项扣除申报、企业所得税自行纳税自行申报、企业所得税申报表A应纳税所得额调整申报、民生阳光税收服务等，每一项都可以在电子税务局App上完成。此外，电子税务局App还具备有查询和提醒的功能，可以让用户更加方便的查看有关咨询、办税服务等内容。用户可以在查询栏中，查看有关公司以及个人的财税咨询信息，同时也可以设置提醒功能，定时提醒自己必须做的专项扣除申报等事项，这样可以帮助用户及时准确的履行税务缴纳义务。