合作社使用农户的土地建农贸市场，应当按照国家规定支付土地补偿款，这部分费用应该由合作社或农民经济组织等补中介机构来支付。账务处理方面，可以将补偿费用科目列入在合作社（农民经济组织）或补中介机构的经营成本内，记入营业费用、财务费用等科目，然后与农户的补偿款收入进行录入。 关于土地补偿款的会计处理，还必须遵守《中华人民共和国会计法》及相关财政会计准则规定的会计原则，进行妥善处理，以保证账务准确、规范，避免发生会计错误等问题。此外，还应监督和检查费用的使用、支付情况，避免费用的浪费和滥用。