如果在增值税发票认证系统中出现了红字发票信息，但查询不到，首先要确定是否发票信息未及时上传到认证系统中，若可以确认该发票已上传，则需要联系发票管理部门或有关主管部门，核对相关发票信息以及对应单据信息，然后将发票原件送至管理部门，进行复核。此外，为了更有效地处理发票认证，企业还应加强对发票认证的日常管理，严格执行发票的发出、回收、报销等操作流程，及时上传发票信息，定期对发票信息进行清理、整理，保证发票在增值税系统中的及时性和准确性。